Początek XX wieku. Nastała epoka mechanosztuki - dziedziny, w której magia i technologia splatają się tworząc mechaniczne automaty. Te niezwykłe, posiadające magiczne obwody marionetki stanowią potężną broń w rękach magów, dlatego każde państwo pragnie mieć ich w swoich szeregach jak najwięcej.
Królewska Akademia Mechanosztuki im. Walpurgii to placówka specjalizująca się w szkoleniu utalentowanych młodych czarodziejów. Każdy z nich pragnie zdobyć zaszczytny tytuł Mędrca - najpotężniejszego sztukmistrza. Pewnego dnia do szkoły przybywa Raishin Akabane, a towarzyszy mu, wyglądająca jak młoda dziewczyna, marionetka o imieniu Yaya. Czy uda mu się osiągnąć cel, zważywszy na fakt, że kandydatów jest ponad tysiąc, a każdy z nich wierzy, iż cel uświęca choćby i najbardziej drastyczne środki?